Мануэль Нойер родился 27 марта 1986, Гельзенкирхен, Северный Рейн — Вестфалия, ФРГ.

Мануэль Нойер

Мануэль Нойер

С 5 лет начал заниматься в футбольной школе клуба «Шальке-04». В 2003 году 17-летний вратарь начал играть за резервную команду «Шальке-04» в Региональной лиге. В сезоне 2005/06 был призван в первую команду в качестве запасного голкипера, место в основе тогда занимал Франк Рост. В бундеслиге, Мануэль дебютировал в августе 2006 года. Его игра так понравилась главному тренеру гельзенкирхенцев Мирко Сломке, что он стал основным вратарем команды, а Рост в итоге перешёл в «Гамбург».
8 июня 2011 года «Баварии» подписала с вратарем пятилетний контракт на сумму в 18 миллионов евро плюс 7 миллионов в качестве бонусов за удачное выступление Нойера в мюнхенском клубе.