Первый футбольный клуб в городе был основан в 1860 году, это существующий и сейчас «Мюнхен-1860». «Бавария» появилась ровно на 40 лет позже — 27 февраля 1900 года, когда берлинец Франц Йон и десять его друзей, отказавшихся от членства в Мюнхенском спортивном союзе MTV-79, объявили о создании футбольного клуба «Байерн» («Бавария»), в честь германской земли, центром которой и является город Мюнхен. Однако в постсоветских изданиях за клубом закрепилось русскоязычное название «Бавария».
Свой первый матч новая команда, которой руководил англичанин Тейлор, провела 4 апреля 1900 года с тем же MTV-79 и выиграла 7:1. В ту пору членами клуба были в основном студенты.
Первый успех пришел к команде только в сезоне-1925/26. «Бавария» первенствовала в турнире Южной региональной лиги, но, начав борьбу за звание чемпиона Германии, уступила лейпцигской «Фортуне». Через два года команда, в которой блистал центрфорвард Йозеф Пёттингер, 14 раз привлекавшийся под знамена сборной Германии, вновь стала первой на юге, но в полуфинале общенационального первенства проиграла будущему чемпиону «Гамбургу» — 2:8.
Триумф пришел в 1932 году, когда в финале чемпионата Германии со счетом 2:0 был обыгран «Айнтрахт» из Франкфурта-на-Майне.

Людвиг Гольдбруннер

Людвиг Гольдбруннер

Ведущим игроком той команды был центральный полузащитник Людвиг Гольдбруннер, заметными фигурами в немецком футболе считались защитник Харрингер (его в те годы относили к числу лучших европейских игроков обороны), а также игроки Хоффманн, Бергмайер, «Осси» Рор и Крумм. Но после прихода национал-социалистов «Бавария» перестала побеждать, а президенту «Баварии» Ландауэру и тренеру Рихарду Домби — венгерскому еврею — пришлось покинуть страну ввиду охоты гестапо за ним. На первые роли выдвинулась команда, поддерживаемая лично Адольфом Гитлером — «Шальке-04».
Через 25 лет футболисты «Баварии» в финале Кубка ФРГ обыграли со счетом 1:0 дюссельдорфскую «Фортуну». Это был их первый послевоенный успех, но он оказался случайным, так как на международной арене клуб легко уступил со счетом 3:0 киевскому «Динамо».
В Бундеслигу, созданную в 1963 году, команда попала не сразу. В 1963 году президентом клуба был избран Вильгельм Нойдеккер, пригласивший на пост главного тренера югослава Златко Чайковского, годом ранее приведшего к чемпионскому титулу «Кёльн». Команда стала собираться. За неё уже играли Зепп Майер и Франц Беккенбауэр, а в 1964 году из «Нордлингена» пришел Герд Мюллер.

В 1965 году «Бавария» наконец смогла попасть в элитный немецкий чемпионат за счёт победы в Южной региональной лиге и триумфа в переходном турнире. В первом для себя чемпионате Бундеслиги баварцы заняли третье место и завоевали Кубок страны, что предоставило им право играть в Кубке Кубков. Этот дебют оказался победным — 31 мая 1967 года в соседнем Нюрнберге при поддержке 70-тысячного стадиона «Бавария» переиграла шотландскую команду «Рейнджерс». Единственный гол за две минуты до конца дополнительного времени забил 21-летний Франц Рот — легенда Баварии 60-ых годов. Но защитить титул мюнхенцам не удалось, а Чайковского всё же уволили, пригласив на его место его соотечественника Бранко Зебеча.
В 1969 году «Бавария» первенствовала и в чемпионате бундеслиги, и в Кубке страны.
1974 год становится для «Баварии» и ее игроков триумфальным.

В финале Кубка чемпионов она встречается с мадридским «Атлетико». Основное время заканчивается вничью — 0:0, в добавленные полчаса испанцы забивают гол. Болельщики «Атлетико» уже предвкушали победу, когда за 7 секунд до финального свистка Георг Шварценбек дальним ударом неожиданно сравнял счёт и спас «Баварию».

Шварценбек Ханс-Георг

Шварценбек Ханс-Георг

Поскольку по действовавшему тогда регламенту, в финальных матчах пенальти не пробивали, на следующий день матч был переигран, и «Бавария» разгромила деморализованных испанцев — 4:0.
1980-ые были периодом не полевой суматохи, со многими заменами в персонале и финансовых проблемах. Но на поле, Бавария выступала на уровне суперклуба. Наиболее успешно команда выступала под началом главного тренера Удо Латтека (1983—1987 г.) В 1982, 1984 и 1986 команда стала обладателем Кубка Германии по футболу. В 1980/81, 1984/85, 1985/86, 1986/87, 1988/89, 1989/90 Бавария выиграла Чемпионат Германии по футболу. На Европейском фронте команда не могла добиться успехов уровня Баварии в течение многих лет, но в 1981-82 и 1986-87 доходила до финала Лиги чемпионов.

В начале1990-х Баварию лихорадило, и больших побед она не достигла. Но в 1994 в команду пришел Франц Беккенбауэр и в этом же году она выиграла Чемпионат Германии по футболу. В 1994 году Франц Беккенбауэр был назначен президентом клуба, но его преемники на посту главного тренера команды Джованни Трапаттони и Отто Рехагель не оправдали ожиданий и в 1996 году Бекенбауер вернулся как тренер, и привел команду к победе в 1996 в Кубке УЕФА. В 1998 в Баварию пришел Оттмар Хитцфельд и почти сразу команда достигла успехов как во внутреннем так и на европейском фронтах. В сезоне 1998/99 Бавария выиграла Чемпионат Германии по футболу и дошла до финала Лиги чемпионов, где проиграла в драматическом матче «Манчестер Юнайтед» со счетом 2:1.
В 2001 году Бавария выиграла Лигу Чемпионов . Мюнхенцы вышли в финал 2-ой раз за 3 года. Под руководством Феликса Магата Бавария 2 раза становилась чемпионом в 2005, 2006 годах и два раза обладателем Кубка Германии по футболу в 2005, 2006 г.

Оттмар Хитцфельд

Оттмар Хитцфельд

Позже главным тренером был назначен Оттмар Хитцфельд. В сезоне 2006\07 клуб занял четвёртое место. Также клуб провалился в Европе. Футбол «Баварии» называли допотопным и застойным. В сезоне 2007/08 баварцы взяли Кубок лиги, последний в истории.
В сезоне 2009/10 перед «Баварией» стояла задача выиграть все турниры, в которых она участвует. И команда практически выполнила эту задачу. Суперкубок Германии «Бавария» выиграла в матче с «Шальке-04» со счётом 2:0. 8 мая 2010 года выиграв на выезде у «Герты», «Бавария» стала чемпионом Германии оторвавшись от «Шальке-04» на 5 очков. 15 мая 2010 года, разгромив в финале Вердер со счетом 4:0, Бавария в 15 раз завоевала Кубок Германии по футболу. Но 22 мая 2010 года, в финале Лиги чемпионов «Бавария» проиграла миланскому «Интеру» со счётом 2:0.